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學校現有教育部重點實驗室1個，國家中醫藥管理局重點研究室3個，國家中醫藥管理局三級實驗室10個，省重點實驗室3個，省普通高等學校重點實驗室4個，黑龍江省校企合作工程技術中心2個，科技部中醫藥國際科技合作基地1個，國家中醫藥管理局中醫藥國際科技合作基地1個，黑龍江省中醫藥國際科技合作基地1個，黑龍江省科技創新平臺1個。

現為國家“973計劃”項目首席科學家單位。“十五”以來，獲得各級各類科研課題立項2418項，其中國家“973”項目4項、“863”項目1項;獲得各級各類獎勵806項，其中國家技術發明二等獎1項、國家科技進步二等獎8項、高等學校科學研究優秀成果獎(自然科學類)一等獎1項、高等學校科學研究優秀成果獎(科技進步類)一等獎1項、中國中西醫結合學會科學技術獎一等獎5項、黑龍江省科學技術獎(自然科學類)一等獎6項、黑龍江省科學技術獎(科技進步類)一等獎6項，黑龍江省科學技術獎(技術發明類)一等獎1項。

學校培養的博士撰寫的論文分別于2008年和2012年獲得教育部、國務院學位委員會“全國優秀博士學位論文”。在中藥血清藥物化學研究、中藥天然藥物藥效物質基礎研究方面處于國際先進水平，在方劑配伍規律、針灸作用機理研究和中醫藥治療內科、婦科、腎病等重大疾病的臨床研究方面處于國內領先水平。